Ujesen 1994. godine Izvršni odbor Hrvatskog matematičkog društva prihvatio je zamisao da se ustanovi nagrada za znanstveni doprinos u matematici. Svrha nagrade je poticati mlade znanstvenike da u domovini razvijaju svoju matematičku nadarenost i time doprinesu razvitku matematike u Hrvatskoj. Zato je određeno da dobitnik ne smije biti stariji od 35 godina i mora biti hrvatski državljanin sa stalnim mjestom boravka u Hrvatskoj.
Predviđeno je da se uz diplomu dodjeljuju i određena novčana sredstva, pa je u tu svrhu osnovan poseban fond u koji su uskoro stigle i prve donacije tako da je već 1996. dodijeljena prva nagrada. Kako se u fondu vremenom nakupila veća količina novca pokrenuto je osnivanje zaklade s ciljem da se
trajno zaštite sredstva predviđena za nagradu. Zaklada je osnovana 1998. godine pod nazivom Matematička zaklada za znanost i od tada djeluje kao samostalna pravna osoba, pod nadzorom Hrvatskog matematičkog društva.
Članak o radu Zaklade objavljen u Matematici i školi iz 2009. godine
Statut Matematičke zaklade za znanost
Skupština Matematičke zaklade za znanost je elektroničkim glasanjem, koje je trajalo do 12. do 16. ožujka 2020. godine i kome je pristupilo 64 od ukupno 67 članova Skupštine, jednoglasno donijela novi STATUT MATEMATIČKE ZAKLADE ZA ZNANOST.
